江苏省疾病预防控制中心(江苏省预防医学科学院)
  • IPV6

2025-11-25

发稿:

审稿:

来源:

2025年度采购需求公告(第403批)-小鼠脑组织SeekSpace单细胞空间转录组测序

字体 :
分享到 :

  

  为便于供应商及时了解采购信息,现将江苏省疾病预防控制中心2025年度采购需求(第403批)予以公告,有意向者需提供:产品生产许可或者注册文件、企业经营许可、经营企业统一社会信用代码、销售代理授权、业务员授权等资料以及报价单(需加盖公章、注明联系人、联系方式)发送至:jscdczw@jscdc.cn,邮件主题以“公司名称+项目名称+公告批次”命名,报名截止时间:  2025年12月2日 17:30,以邮件发送时间为准。


  一、项目概况

  使用SeekSpace单细胞空间转录组技术完成小鼠脑样本空间检测

  二、项目需求清单

  三、技术要求

  (一)技术检测目标

  完成2鼠脑样本的空间单细胞转录组实验; 

  (二)实施方案

  1. 实验参数

  1.1 样本准备

  组织包埋

  采用OCT包埋的方式,在包埋前需将组织表面的血液及其他液体清理干净,样本大小建议>3x3mm,满足5.5x12mm样本贴片区域干冰冻存。

  1.2  样本质检:

  RNA完整性检测

  ①  Qseq检测RNA的完整性:RQN值≥7

  HE染色鉴定

  ①  对OCT包埋的目标组织样本进行切片及HE染色鉴定。

  1.3 样本处理

  切片及贴片:

  OCT包埋的样本进行切片,切片后再将切片贴到空间芯片表面;

  探针释放:

  ①组织的切片区域要大于5x12mm的组织贴片大小;

  芯片上布置有空间标记探针超过2500万种,

  空间标签簇的直径小于1um

  空间标签簇的中心点之间的距离能小于2um

  通过酶解的方式释放探针,探针进入细胞,标记细胞核,至此完成对细胞核的空间位置标记。

  1.4 样本上机

  1.5 建库及测序

  1.6 数据分析

  (三)质控方案

  Ø 细胞核质控

  ① 用细胞刮将组织从空间芯片上刮下进行单细胞提核;

  ② 细胞核悬液有核率>5%;

  ③ 细胞核悬液结团率<30%

  确定细胞投入量

  ① 取最多16万细胞核,等分成8份后,进行体外逆转录标记;

  Ø 文库质检与测序

  文库质检

  表达文库:cDNA浓度≥1 ng/ul,产物峰型在200-2500 bp范围cDNA主峰长度250-1000bp范围;文库浓度≥5 ng/ul,主峰长度300-1000bp范围。

  空间文库:文库浓度≥1 ng/ul,主峰在200-330bp范围

  测序

  表达文库测序量≥160 Gb raw data;空间文库测序量≥40 Gb raw data

        

  (四)数据分析方案

  1 标准分析

  拥有兼容多种数据类型的自研单细胞文库质控软件和自建细胞注释数据库,可完成单样本分析、多样本分析和多样本比较分析以及对应的信号通路的研究,标准分析条目如下:

  2 高级分析

  除标准分析条目,提供高级分析服务,具体条目如下:

  (五)样本运输:

  1、如果包埋块不规则,可对包埋好的组织块进行修剪,放于密封袋保存;

  2、储存:密封,-80℃冰箱保存或立即进行切片;

  3、运输:密封干冰运输,非密封环境导致组织脱水,损坏组织形态。

  (六)报告交付时间

  1. 周期

  1)收到样本3个自然日内完成样品质检;

  2)样品质检合格后20个自然日完成实验并交付结果

  2. 数据和样本的保存及返回

  在项目结题完成全部数据交付后,另免费提供为期一年的数据和样本延长保存服务。

  3、保密服务

  提供原始资料、技术路线、实验报告、实验有关的资料结果、价格及相关知识产权的保密服务,严格执行泄密追责。

  (七)售后服务响应

  针对项目需求可提供多对一专业的售后沟通及分析服务,包括:

  ① 结果报告的解读;

  ② 分析方案的沟通及调整;

  ③ 定期项目进展的反馈和沟通;

  ④ 提供实验方法及参数等参考文档材料。

  (八)优质团队及专项服务

  提供优质团队专项服务:配备专项项目服务人员,含业务经理、实验人员、生信人员及技术支持,不少于10人业务服务团队,可针对具体项目的具体需求:

  项目负责人参与国家十四五重大研发专项并担任骨干,参与如北自然重点专项、2030重点专项等多项科研基金;

  项目负责人参与发表单细胞空间转录组方向论文影响因子20.6;

  在项目进展环节,项目团队提供实时且透明化的项目进展情况反馈服务;

  在项目后期数据分析环节提供个性化数据深度挖掘分析服务:针对研究方向提供能力可及的沟通探索服务。

江苏省疾病预防控制中心(江苏省预防医学科学院)